De Burcht is niet alleen het oudste monument van Leiden, maar ook het oudste bouwwerk van zijn soort in Nederland, dat bovendien nog in redelijk goede staat bewaard is gebleven.De geschiedenis van de Burcht begint rond het jaar 1000. Bij de samenvloeing van twee zijarmen van de rivier de Rijn werd een "motte" opgeworpen; een aarden verhoging die diende als vluchtplaats in tijden van gevaar. De toegang tot de motte werd belemmerd door een ter oosten er van gegraven gracht, waardoor het gehele gebied door water was omringd. Een mogelijke verklaring voor het bouwen van deze verdediging vormen de toen veelvuldige invallen door de Noormannen, daar zou echter al spoedig een eind aan komen (in 1006-1007). Meer waarschijnlijk is dan ook dat de heuvel vooral dienst deed als een plaats waar mensen en hun vee een droge plek vonden bij een van de overstromingen die in de jaren 800-1200 regelmatig voorkwamen.
In de loop van de volgende jaren zal de heuvel nog tenminste driemaal worden opgehoogd, totdat er halverwege de elfde eeuw een houten versterking op zal worden geplaatst. Een versterking, die in opdracht van Dirk IV of zijn opvolger Floris I, werd gebouwd om dienst te doen in de toen woedende strijd om de macht met de Duitse Keizer en de bisschop van Utrecht.
In het jaar 1083 werd Alewijn van Leiden als eerste benoemd tot burggraaf, een vazal die de belangen van de landsheer veilig moest stellen. Er zullen nog velen volgen, wat niet betekende dat de verstandhouding tussen de burggraaf en de burgers van Leiden als goed moet worden beschouwt. Integendeel, regelmatig waren er conflicten over het uitoefenen van de rechten die aan het burggraafschap waren verbonden.
Om een betere bescherming te bieden tegen vijanden en tegen het water werd de houten omwalling halverwege de twaalfde eeuw vervangen door een tufstenen muur. Volgens de laatste inzichten, gebaseerd op onderzoek door Edwin Orsel, zal dat tussen 1260 en 1285 zijn gebeurt. Dat betekent dan ook dat de verstening van de Burcht in opdracht van de in Leiden geboren graaf Floris V is gedaan.
In april 1651 kwam er definitief een einde aan de macht van en de conflicten met het burggraafschap, de stad Leiden kocht de rechten af van de laatste burggraaf voor een bedrag van 70.000 gulden. "Voortaan mocht de stad Leiden zich de eigenaresse noemen van de resterende burggrafelijke rechten en van een verweerde steenklomp die midden in de stad bewegingloos een vervaarlijke aanblik bood. De Burcht van Leiden was eindelijk in alle opzichten een Leidse Burcht geworden. Als herinnering aan de overwonnen macht van de burggraven handhaafde de burgerij het ongenaakbare monument temidden van haar huizen en gaf het weldra een nieuwe functie: "die van levensgrote Hollandse Tuin, het symbool van de gewestelijke vrijheid, omringd door vruchtdragende bomen en bij de toegangspoort beschermd door de Hollandse leeuw met in zijn vuisten een zwaard - een stadspark als zinnebeeld van de Staten van Holland."